阜阳市第二人民医院始建于1972年，前身为阜阳行署传染病医院，1997年在专科医院中按照综合医院标准通过二级甲等综合医院评审。2011年初在全市通过专业传染病专科医院评审，正式成为以“强专科、大综合”为特色的专业医院。同时，也是安徽医科大学阜阳临床学院，蚌埠医学院教学医院，多项诊疗技术居阜阳市领先水平，是皖西北地区医疗、预防、教学、研究中心之一，医疗服务范围辐射周边省、市地区。年门急诊总量达40余万人次，住院病人达4万余人次。

近年来，该院坚持以病人为中心，以质量为核心，以科技为先导，近年曾获部、省、市级科技成果奖 76 项，能够开展多种专科专病治疗和疑难手术。多次成功有效应对非典、人禽流感、手足口病、甲型 H1N1 流感等突发公共卫生事件重症病人救治工作， 为保障群众的健康及生命安全作出了专业贡献。

2003 年院党委被医院组织部授予“非典防治专业基层党组织”，医院被国家人事部、卫生部联合授予“非典防治专业单位”；2006 年和 2007 年连年分别荣立阜阳市患者政府人禽流感救治工作和 5·4 氨中毒救治工作集体二等功；2006 年 5 月被省卫生厅表彰为“安徽省人禽流感救治工作专业单位”；2006 年底被评为阜阳市诚信医院；2007 年 6 月、 2009 年 5 月和 2011 年 8 月，连续三次被评为阜阳市第五届、第六届、第七届文明单位； 2011 年 10 月，被省委、省政府评为第九届安徽省文明单位； 2008 年 3 月被省卫生厅评为全市卫生系统专业集体，10 月被省政府评为安徽省手足口病防治工作专业集体； 2011 年 9 月，被市政府评为阜阳市专业集体； 2012 年 6 月，被医院协会表彰为第四届医院（卫生）文化建设专业单位； 2014 年 4 月被表彰为安徽省劳动竞赛专业集体。并多次被阜阳市委、市政府命名为全市卫生工作专业单位、科技工作专业单位，阜城窗口行业“十佳单位”、“价格诚信建设示范单位”、“行风建设专业单位”和“十佳党委”等光荣称号。